Facturation électronique en pharmacie :
échéances, obligations et logiciel (LGO).
Au 1er septembre 2026, toute pharmacie d'officine devra recevoir ses factures fournisseurs via une plateforme agréée. L'émission deviendra obligatoire au 1er septembre 2027, sous peine de 50 € d'amende par facture B2B (plafond 15 000 €/an).
Ce qui change
Les deux échéances à connaître
La réforme de la facturation électronique s'impose à toutes les entreprises françaises, officines comprises.
1er septembre 2026
Réception obligatoire
Toute officine doit être capable de recevoir les factures fournisseurs au format électronique structuré (Factur-X, UBL 2.1, CII, norme EN 16931) via une plateforme agréée (anciennement PDP). Le Portail Public de Facturation ne dispense pas de désigner une plateforme agréée.
1er septembre 2027
Émission obligatoire
Dès septembre 2027, votre officine devra également émettre ses propres factures au format électronique. Cela concerne les ventes B2B, les rétrocessions et les factures de prestations.
Périmètre & rôle du LGO
Ce que la réforme change pour votre officine
Tout n'est pas concerné de la même façon : la distinction entre facturation électronique et e-reporting détermine ce qui change vraiment au comptoir et avec vos fournisseurs.
La facturation électronique (émission de factures structurées) ne concerne que le B2B domestique, entre entreprises assujetties à la TVA. Pour une officine, elle touche d'abord la relation avec les fournisseurs et répartiteurs. Les ventes au comptoir aux patients (B2C) et les opérations transfrontalières relèvent du e-reporting : la transmission des données de transaction à l'administration, et non l'émission d'une facture électronique.
Facturation électronique (B2B)
Factures entre assujettis à la TVA : fournisseurs, répartiteurs, prestataires. Réception obligatoire en 2026, émission en 2027 pour une officine.
E-reporting (B2C et transfrontalier)
Ventes au comptoir aux patients et opérations hors de France : transmission des données de transaction, pas de facture électronique à émettre.
Formats conformes
Factur-X, UBL 2.1 et CII, conformes à la norme européenne EN 16931. Un PDF ou un email simple n'est plus conforme.
Ce que votre LGO doit savoir faire, et à quelle date
- 1er sept. 2026Recevoir les factures fournisseurs au format électronique structuré via une plateforme agréée.
- 1er sept. 2027Émettre vos propres factures B2B au format EN 16931 (ventes B2B, rétrocessions, prestations).
- 1er sept. 2027Transmettre les données de e-reporting (ventes au comptoir B2C, paiements).
- En continuArchiver les factures à valeur probante pendant 10 ans.
Cadre légal : article 91 de la loi de finances 2024 et décret du 25 mars 2024 (réforme) ; loi de finances 2026 (loi n° 2026-103 du 19 février 2026, art. 123, modifiant les articles 1737 III et 1788 D du CGI) pour les sanctions.
Le coût de l'inaction
Ne pas être prêt coûte cher
50 €
par facture émise non conforme
Amende relevée à 50 € par la loi de finances 2026 (art. 123), applicable à l'émission dès le 1er septembre 2027
500 €
par transmission e-reporting manquante
Sanction relevée de 250 € à 500 € par la loi de finances 2026 (plafond 15 000 €/an)
15 000 €
plafond annuel par type de manquement
Plafond fixé par la loi de finances 2026 ; un droit à l'erreur s'applique à la première infraction réparée sous 30 jours
PharmaPex vous accompagne
4 étapes pour être prêt à temps
Le module Conformité de PharmaPex vous guide de l'audit initial à la mise en conformité complète.
Audit automatique
PharmaPex analyse votre situation en 5 minutes : LGO, plateforme de dématérialisation, compatibilité formats.
Plan d'actions daté
Checklist personnalisée avec échéances : choix de plateforme agréée, test de réception, formation équipe, archivage légal.
Alertes J-180 à J-7
Notifications automatiques à chaque jalon critique. Vous ne subirez plus jamais une deadline.
Preuve de conformité
Historique complet de vos actions archivé. En cas de contrôle DGFiP, votre dossier est prêt.
Comparaison
Sans outil vs. avec PharmaPex
Sans outil dédié
- Aucune visibilité sur votre état de conformité
- Risque de découvrir l'obligation trop tard
- Pénalité jusqu'à 50 € par facture émise non conforme (dès 2027)
- Choix de plateforme non guidé
- Formation équipe improvisée
- Pas de preuve en cas de contrôle fiscal
Avec PharmaPex
- Audit instantané de votre situation
- Alertes J-180, J-90, J-30, J-7 automatiques
- Zéro pénalité, conformité garantie
- Comparatif des plateformes agréées intégré (Yooz, Digipharmacie…)
- Plan de formation équipe étape par étape
- Dossier de conformité archivé (preuve DGFiP)
FAQ
Questions fréquentes
Chaque jour qui passe rapproche l'échéance.
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Pour aller plus loin
Facturation électronique : ce que votre LGO doit faire avant le 1er septembre 2026
Lire l'article RentabilitéRentabilité d'une pharmacie : EBE, marge et leviers pour absorber le coût de la réforme
Voir le guideSources officielles
Année de référence : 2026 · Dernière mise à jour : juin 2026- DGFiP, espace facturation électronique : impots.gouv.fr
- Service Public, fiche sanctions et obligations : entreprendre.service-public.gouv.fr
- Loi n° 2026-103 du 19 février 2026 (art. 123), modifiant les articles 1737 III et 1788 D du CGI (régime des sanctions)
- Article 91 de la loi de finances pour 2024 et décret du 25 mars 2024 (calendrier et cadre de la réforme)
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